등록금 인상에는 매해 비슷한 액수로 발생하는 이월금도 한 요소로 작용한다. 학교가 제대로 예산집행을 하지 않아 발생하는 이월금이 다음 해 예산에 반영되지 않고 계속 책정되기 때문이다.
대부분 등록금으로 충당되는 본교 학생경비(△학비감면 △실험실습비 등)의 경우 △2004년 약 140억원 △2005년 약 89억원 △2006년 약 90억원의 이월금이 발생하고 있다. 2006년 본예산에 의하면 학교는 학비감면(성적장학금 및 면학장학금) 항목으로 약 522억원을 책정했지만 결산 결과 480억원을 사용했다. 이에 대해 장일기 예산조정팀 과장은 “성적장학금의 경우 외부장학금과 이중수혜가 불가능해 성적장학금을 포기하면서 발생한 차액”이라고 설명했다. 외국인장학금을 확충했으나 예상만큼 수요가 없던 것도 이월금 발생의 이유 중 하나라고 밝혔다.
실험실습비 항목 역시 본예산엔 약 84억원이 책정됐지만 결산에선 약 70억원이 지출됐다. 14여억원의 이월금은 각 단과대에서 다른 용도로 사용하는 것을 막기 위해 회수해 다음 예산에 분산 편성됐다. 학교 측은 “실험실습비가 불가피하게 미집행 된 부분이 있는 것 같다”며 “실험실습비 사용은 각 단과대에서 관할한다”고 답했다.
교·직원 보수 항목에서도 2005년 약 42억원, 2006년 약 90억원의 이월금이 발생했다. 대부분 계획만큼 교·직원이 채용되지 않아 생긴 차액이다. 본교는 교수 충원에 공백이 생긴 이유에 대해 “지원자가 본교 기준에 상응하지 않거나 학과에서 요구하는 세부전공과 지원자 전공이 일치하지 않는 경우가 많았기 때문”이라고 설명했다.
| 항목 | 기금명 |
| 교직원 보수 | 9,097,818,911 |
| 관리운영비 | 9,174,129,048 |
| 연구 ．학생 경비 | 16,280,969,572 |
| 교육 외 비용 | 5,410,795,556 |
| 예비비 이월금 | 5,070,378,000 |
매년 예산이 제대로 집행되지 않아 이월금이 발생하지만 학교는 회계일정을 이유로 ‘예산편성에 전년도 결산결과를 반영하는 것은 불가능하다’고 답한다. 당해 예산편성 시기는 1월인데 전년도 결산은 5월 말에 끝나 사실상 결산결과를 반영하지 못한다는 것이다. 예산조정팀 측은 “본예산의 미진한 부분은 10월 추경예산에서 5월에 집계된 전년도 결산을 반영하는 식으로 보완을 위해 노력한다”고 답했다.
이 같은 대학 재정운영에 대해 회계법인의 한 관계자는 “금액 변동이 비교적 안정적인 사립대학은 과거 결산 결과를 분석해 예산을 짜는 방법도 가능하다”며 “이 경우 예산이 보다 효율적으로 분배될 것”이라고 조언했다.