‘취업 후 학자금 상환제도’의 재정 운영 측면에 우려를 제기하는 목소리도 높다. 

취업 후 학자금 상환제도가 시행되면 학생들의 이자상환이 유예돼 운용에 많은 비용이 소요돼 충분한 재정 확보가 필요하다. 현재 교육과학기술부(이하 교과부)는 등록금 대출에 필요한 재원을 한국장학재단(이사장=이경숙)에서 발행한 채권 수익으로 충당하겠다는 입장이며, 재정 운영 상 큰 무리가 따르지 않는다고 주장한다. 교과부 윤경숙 사무관은 “향후 5년간 등록금 재원으로 연평균 11조원 정도가 필요한데 우리나라 채권시장의 규모가 445조원 정도인 것을 감안하면 채권 발행을 통해 안정적인 재원을 확보할 수 있을 것”이라고 말했다.

또한 전문가들은 새 제도를 우리나라에 제대로 정착시키려면 같은 제도를 성공적으로 운영한 △영국 △호주 △뉴질랜드처럼 투명한 소득파악이 전제돼야 한다고 말한다. 필리핀의 경우 소득연동 상환제도를 시행했지만 대출자의 소득파악이 제대로 되지 않아 대출금 회수율이 낮아져 결국 관련 재정이 바닥났다. 남수경(강원대 교육학과) 교수는 “기준소득 이상의 수입이 있을 때까지 상환이 자동유예된다는 것은 이 제도의 가장 큰 강점이자 약점”이라며 “국세청의 적극적인 협조를 통해 대출자가 편법으로 소득을 속이지 못하도록 규제해야만 새 제도가 잘 운영될 수 있다”고 말했다.

제도 도입 전 낮은 회수율에 대비한 대손충당금을 충분히 마련하지 않으면 정부가 빚더미에 앉게 되리라는 관측도 나오고 있다. 교육인적자원부(현 교육과학기술부)는 지난 2004년 발표한 연구보고서 <인적자원투자 촉진을 위한 대학(원)생 학자금 융자제도 활성화 방안>에서 ‘대출금 회수율이 90%인 경우 대학등록금 1조원을 대출해 주기 위해선 정부가 매년 1000억원 이상의 재정을 투자해야 한다’고 분석한 바 있다. 시민경제사회연구소 홍헌호 연구위원은 “현재 우리나라 대졸자 고용률이 75%라는 것을 감안하면 새 제도의 회수율은 70%를 넘기 어렵다”며 “3조원 이상의 재정이 확보돼야만 안정적인 등록금 대출이 가능할 것”이라 분석했다.