2011년 12월 학과구조조정 결정 전면 철회를 주장하며 농성한 제 44대 동국대 총학생회(회장=최장훈)와 통폐합 대상학과 연합총회단 ‘우리의 학문을 지키기 위한 동행’ 소속 일부 학생들이 상벌위원회에 회부됐다. 이들은 총장과의 면담을 요구하며 8박 9일간 총장실을 점거했다. 동국대 상벌위원회는 최장훈 총학생회장, 조승연 부총학생회장을 비롯한 3명에게 퇴학, 2명 무기정학 등 총 10명을 징계했다. 총장실 점거에 대한 전례 없는 중징계로 동국대 최초의 퇴학 처분이었다. 조승연 부총학생회장은 “상벌위원회는 학생들에게 소명할 기회조차 주지 않는다”며 “학교 규정이 학생 통제 도구로 전락해 학생자치를 심각하게 훼손하고 있다”고 주장했다. 반면 학교 측은 관련 규정에 문제가 없다는 입장이다. 동국대 상벌위원회 관계자는 “다른 학교들도 비슷한 규정을 갖고 있고 동국대에서도 별다른 문제가 없이 유지하는 상벌위원회 관련 규정을 수정할 계획이 없다”고 말했다.
동국대의 표창 및 징계 규정은 징계 규정의 상벌위원회 규정은 결정된 징계 수위나 범위에 대해 이의가 있을 경우 당해 학생이 7일 이내에 재심을 청구하도록 하고 상벌에 대한 요청을 접수할 때도 학생이 아닌 학생 소속 학부(과)나 단체의 의견을 청취하도록 정한다. 이로써 상벌위원회 절차에서 해당 학생의 소명기회를 사실상 차단한다.