고등군사법원은 2014년 12월 18일 피진정인인 한 중위와 허 소장의 피의사실에 대해 불기소처분 및 ‘혐의없음’으로 진정종결처분 한 검찰관의 결정은 적절하며, 신청인의 재정신청은 증거가 불충분하다고 이유를 밝혔다. 고등군사법원의 재정신청 기각으로 더는 법적 절차 진행이 어렵게 됐다.
재정신청 기각에 대해 故 김지훈 일병의 아버지 김경준(남·53) 씨는 “현행법상 형사적으로 논의할 수 있는 것은 없다”며 “민사소송의 여지는 있지만, 감정적 대응으로 보일 수 있어 보류하고 있다”고 말했다. 또한 故 김지훈 일병 사건에 대해 교내에 대자보를 게시하고 사건 해결을 위해 노력했던 제갈국현(정경대 경제10) 씨는 재정신청 결과에 대해 “군 문제라는 제도적 차원의 한계가 있었다고 생각한다”며 “학우들이 앞으로도 군 문제에 지속적인 관심을 가져주었으면 좋겠다”고 말했다.
故 김지훈 일병은 사망한 지 7개월 후인 2014년 1월 29일에 공군으로부터 일반사망 판정을 통보받았다. 이후 유가족이 언론을 통해 이의를 제기하자 순직처리를 위한 재심의가 결정됐다. 2014년 8월 14일, 순직처리가 최종 결정됐고 같은 달 29일 현충원에 안치됐다. 재심의 결과 한 중위는 ‘기소유예’, 허 소장은 ‘혐의없음’의 판결을 받았다.