입학관리팀은 2003년도 고등학교장 추천전형(수시전형)에서 정원의 30%를‘전공예약제’로 뽑는 새로운 전공배정방식을 도입했다.

‘전공예약제’란 학부제의 단과대학에서 기존의 학생들이 ‘3+1방식’으로 전공이 2학년 때 결정됐던 것에 반해 1학년 때 전공이 결정되도록 하는 제도이다. 말 그대로 1학년 때 전공이 결정돼‘예약’하게 되는 것이다. 정경대학(통계학과 제외), 정보통신대학, 생명과학부, 인문대학(독일문화정보학과, 사회학과, 고고미술사학과, 북한학과 제외), 자연과학대학 및 경상대학을 제외한 나머지 모집단위가 그 대상이다.

이번 전공예약제의 실시 배경은 일부 인기학과에만 학생들이 몰리고 기초학문을 기피하려는 학부제의 부작용을 어느 정도 해결하려는 입학관리팀 노력의 일환이다. 순수학문을 보호하고 기초학문에 뜻이 있는 학생들을 일찍부터 육성할 수 있다는 장점이 있는 반면 학생들의 교육권과 자치권에 대한 우려의 목소리도 적지 않다. 문과대 교육투쟁국장 박창규 씨는 “학부제 도입으로 인해 학부생들의 소속이 불분명해 자치활동이 어려운 상황에 혼란스러움이 더 가중됐다”며 “전공예약제는 학부제의 모순을 해결하는 방법이 될 수 없다”고 부정적인 입장을 나타냈다. 
 
또한, 학생들은 이번 전공예약제 도입 역시 학교측의 일방적인 정책 결정에 휘둘리는 것이 아니냐는 불만을 토로하고 있다.
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