지난 2002년 매년 대학의 정원은 줄지 않는 반면, 해마다 감소하는 수험생 수로 인해서 대학구조개혁이 시급하다는 여론이 형성됐다. 이후 지난 2005년 교육부는 구조조정 없이는 재정지원을 하지 않겠다고 발표했다. 이에 국립대의 경우 입학정원의 15%를 무조건 감축하고 연합·통합을 추진했다. 사립대는 최소한의 교원확보율 기준을 제시해 이를 지키지 못하면 재정지원사업에 신청조차 할 수 없도록 한다고 발표했다.

국립대학 구조개혁의 경우 오는 2007년까지 입학 정원을 10%감축하고, 2009년까지는 15%감축을 달성해야한다. 또한 국립대 특성화와 지역사회 연계 강화를 위해 유사 중복학과 통합, 정원감축을 추진하고 특성화 분야를 중심으로 학과·연구소 개편, 교수 재배치등을 추진키로 했다.

사립대학 구조개혁의 경우 오는 2006년 입학정원을 지난 2004년 대비 10% 감축하는 대학에 한해 구조개혁 재정지원 사업에 참여시킨다. 단, 교수 1명당 학생수가 40명을 넘는 대학은 정부의 모든 재정지원 대상에서 제외된다. 또한 오는 2009년까지 한시적으로 대학간 통폐합 및 개편을 허용했다.

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