중간평가 결과, 사업단별 사업성과가 확연한 차이를 보이고 있다.
BK21 중간평가에서 가장 많은 논란이 됐던 서울대의 경우, 인문사회 분야 사업단인 「아시아 태평양 교육발전연구단」, 「21세기 행정학 패러다임 교육연구단」이 최하위 점수를 받아 지원대상에서 탈락됐다. 과학기술 분야에서도 12개 사업단 중 8개의 사업비가 삭감, 이는 2002년까지 학부정원을 25% 줄이고 학부 모집단위를 10개로 광역화하겠다는 약속을 지키지 않은 결과이다. 논문발표 실적이나 국제 특허 건수 등 구체적인 성과도 포항공대나 KAIST에 훨씬 못 미쳤다.
한편, 이번 평가에서 좋은 점수를 얻어, 사업비를 더 많이 얻어낸 대학도 있다. 특히, 정보기술, 기계, 생명, 화학공학 분야의 BK21 사업을 추진 중인 포항공대는 거의 모든 항목에서 우수 점수를 받았다. 포항공대 BK21 사업 관계자는 “대학원 인력 양성 사업에 걸맞게, 다른 기관 장기 연수를 비롯해 단기 연수, 해외 출장이 활성화됐으며, 논문발표가 증가한 점이 BK21 사업 추진의 긍정적 효과.”라며 “대학원 장학금이 증가돼 장학금 수혜율이 높아진 것.” 또한 높이 평가했다.
그러나 “포항공대의 경우 원래 연구중심 대학이었다.”는 BK21 관련자의 말처럼 대학원생들의 연구 실적 증가가 BK21사업의 영향이라는 점에 의문이 제기되기도 한다.
BK21 사업으로 지방대의 발전도 돋보인다. 원광대는 전자정보분야가 지역우수대학 육성사업분야에, 한의학 분야가 전문대학원을 양성하는 특화사업에, 약학분야가 핵심사업에 선정됐다. 그리고 목표대는 기계선박해양공학부와 생물산업, 해양문화정보산업 등의 분야가 지역우수대학 육성산업분야로 뽑혀 특성화되고 있으며, 군산대 또한 해양특성화 대학으로 거듭나기 위해 노력 중이다.
특히 지방대의 경우 “BK21지원금이 주어진 이후, 연구비를 유지하기 위해 들였던 시간이 상당히 줄어들었다”는 조무제 경상대 응용생명과학부 교수의 말처럼, BK21 사업 지원금이 모자라는 연구비를 상당수준 충당하고 있는 것으로 드러났다. 이 같은 노력으로 결과로 서울 지역 이공계 박사과정의 모집 정원은 미달된 반면 경상대의 경우 총 38명 정원에 46명이 몰리기도 했다.