감사원은 8월 8일부터 본교를 비롯한 전국 66개 대학을 대상으로 ‘대학재정 운용실태’ 감사를 진행했고, 35개 대학을 표본으로 선정해 ‘등록금 재정 분석’을 실시했다. 그리고 3일, 중간 감사 결과를 발표했다. 본교는 이번 감사 과정에서 정통대 김 모 교수의 대학원생 인건비 횡령 혐의가 밝혀진 바 있다.
감사원은 중간발표에서 등록금 재정분석을 실시한 35개 대학이 지출 규모를 과다 책정해 연간 6552억 원을 남겼다고 밝혔다. 감사원은 “35개 모든 대학의 예산 편성 과정에서 지출은 실제 비용보다 많이 잡고 수강료와 기부금 등 등록금 외의 수입은 적게 계상하는 수법으로 등록금 인상 요인을 만들어 냈다”고 말했다. 감사원의 발표대로라면 산술적으로 등록금을 12.5% 인하할 수 있다. 조우리 44대 안암총학생회장은 “감사 대상이 된 35개 대학 모두에서 예산이 과다하게 측정됐다는 것은 본교도 이에 해당된다는 것”이라며 “본교의 예, 결산 규모, 등록금 책정액은 어떤 사립대와 비교하더라도 학교 측이 재정을 긴축적으로 운영하고 있다고 보기 힘들다”고 말했다.
한편, 연세대는 1일 감사원의 감사행위가 헌법이 보장한 ‘사립대학 운영의 자율권’과 ‘대학 학문의 자유’를 침해했다며 헌법소원을 제기했다. 각 대학들도 공공기관의 감사를 목적으로 하는 감사원이 사립대학 등을 감사할 수 있는지에 대한 법적 근거를 따져봐야 한다고 주장했다. 한국대학교육협의회(회장=김영길 한동대 총장, 대교협)도 7일 임시총회를 열고 전국 150여 개 대학 총장들이 참석한 가운데, 감사원의 감사행위가 대학의 자율권을 침해한다는 성명서를 발표했다. 그러나 대교협 측은 ‘감사원의 지적 중 개선할 부분은 바꿔 나갈 것’이라며 ‘내년 3월부터 각 대학이 등록금을 올해보다 평균 5% 내리기 위해 노력하겠다’고 밝혔다.