본교의 총장선출 제도는 9, 10대 이준범 총장 이후, 14대 김정배 총장의 연임 문제에 이르기까지 선출 방식, 이익집단 간의 갈등으로 인한 잡음이 끊이지 않았다.
민주화 바람을 타고 1985년 교수협의회(이하 교수협)가 만들어지기 전까지는 재단에서 총장 후보를 선정, 이사회 회의에서 총장을 선임하는 방식을 취해왔다.
그러나 교수협이 결성되자, 교수들은 자신들의 대표를 선출해 재단에 선임을 권유했다. 이 때부터 총장은 사실상의 직선제를 통해서 교수협에서 선출하게 됐다.
그러나 재단, 교수가 아닌 다른 학내 구성원들에게 이러한 방식이 지적받기도 했다. 지난 1988년 10대 총장 선출 때에는 당시 교수협 측이 피선거권과 선거권을 교수들에게만 국한시켜, 학내 5개단체(총학생회, 대학원총학생회, 조교협의회, 강사노조, 직원노조)와 심한 마찰을 빚었다. 사태가 악화돼, 학생들은 1989년 2월과 3월에 열린 총장 선출을 위한 교수협 임시총회에서 무력을 행사, 무산시키며 사제간에 욕설이 오가기도 했다.
제13대 홍일식 총장 선출부터는 재단이 총장 선출에 직접 개입, 교수협 총장추천위원회를 통한 총장 후보 2∼3명 중 1명을 재단이사회에서 만장일치로 선임하는 방식이 재단-교수협 사이에서 결정됐다.
14대 총장 선출에서는 교수협 직선제가 사전 선거운동, 학내 파벌 조성등의 문제가 거론돼, 선출 방식에 대한 논의가 재개되었다.
재단과 교수협의 갈등 중에 교우회 측은 재단총추위원 중 교외 인사를 추가하는 것을 골자로 한 새로운 총장 선출안을 제시하고, 재단과 교수협은 이에 동의했다. 김정배(문과대 한국사학과) 교수와 구병삼(의과대 의학과) 교수, 최영상(이과대 화학과) 교수가 최종 재단 총장추천위원회에 추천됐다. 재단측에서 교수협 선거에서 수위를 차지한 김정배 교수를 제처두고 최영상 교수를 총장으로 선임해 문제가 됐다. 그러나 최 교수가 “많은 교수들이 지지한 후보가 총장이 되어야 한다.”고 공식 발표함으로써 사건은 일단락 됐다.