2009학년도 신입생부터 안암캠퍼스로 소속 변경이 가능한 ‘캠퍼스 간 소속 변경제도’를 시행한다. 이 제도는 세종캠퍼스에서 4학기를 이수해 전공이 배정 된 상태에서 신청이 가능하며, 안암캠퍼스의 새로운 학과로 제1전공을 변경해 학위를 이수 할 경우 기존의 이중전공이나 복수전공 제도와는 다르게 소속캠퍼스가 안암캠퍼스로 변경된다.

이 제도에 대한 발표가 있은 후 학교 홈페이지에는 이를 반대하는 의견들이 이어지고 있다.

제도를 반대하는 사람들은 세종캠퍼스의 정체성에 대한 문제점을 제기하며, 기존의 제도로 이미 다양한 교육의 기회를 접하고 있는데 굳이 소속변경제도가 필요한지에 대해 의문을 제기하고 있다. 반면 학생들의 학습 의욕을 고취시키고 학과 특성화에 기여할 수 있다는 긍정적 측면으로 바라보는 시각도 있다.

연세대의 경우 지난 2007년 1학기부터 소속변경제도를 시행하고 있다. 초기엔 '원주캠퍼스만을 위한 제도가 아니냐'는 의견과 뚜렷하지 않은 선발 방식때문에 혼란스러웠으나, 현재는 문제가 되는 부분을 수정 · 보완해 본래 취지에 부합하는 제도로 전환하고 있다.

제도 도입을 준비하고 있는 세종의 교무지원팀 직원 김홍순 씨는 “세종캠퍼스로 입학한 우수한 학생들에게 타 대학의 편입과 같은 더 큰 교육의 기회를 확대한 것이다”며 “안암캠퍼스의 사정에 따라 유동적으로 변경 될 수 있는 사안인 만큼 세부계획에 대한 많은 보정 작업을 거쳐야 한다”고 말했다.

소속변경제도는 오는 2010년부터 시행될 예정이며, 모집인원이나 시행 세칙 등의 세부 사안은 아직 정해진 것이 없다.